2050年新潟で謎の怪人ショッタリアン帝国（宇宙人）が飛来、新潟の米を破壊食い荒らし、新潟中の市民が恐怖に陥る。

新潟の危機を守るため、農林水産省より新たなプロジェクトが立ち上がる。怪人に立ち向かう為に、農林水産省から選ばれた農家の青年「エイチゴウ」が農業強化型スーツ「超耕システム２１型スーツ」を身に着ける。
「超耕！!」の掛け声と共に、「超耕２１ガッター」となる。

迫りくる怪人「ツターンカメムシ」・「ザリガニータ」・「モゾコキムシ」ガッターの必殺技”ガッター・カッター”が炸裂!ガッターは敵の反逆攻勢に遭い、ピンチに陥る。

その時「謎の男」流れ笹次郎登場！笹団子型爆弾”笹弾豪（ササダンゴウ）”やポッポ焼き型の刀”北宝刀（ポッポトウ）”などの必殺技でガッターを助ける。

勢いがついたガッターは、必殺技”コンバインレガース・二条ゲリ”で怪人にとどめを刺す！ガッターは戦闘に勝利する。「謎の男」流れ笹次郎は、静かに立ち去っていく。

怪人達は、このままでは米を食い散らかせないと考え、ガッターが誕生する前の”2009年”にタイムスリップ。怪人達の悪事を防ぐためガッターもタイムマシーンに乗って2009年に飛んだ。

2009年の新潟で、怪人達は、米を狙っている。愛する新潟の平穏な幸せと、米を守るため、ガッターの戦いは続いて行く・・・

ご当地ヒーロー